使用Nibabel库进行nii图像的读写操作

因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。

其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取,但是这里暂时只学习Nibabel这个库,后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。

Nibabel的安装

可以通过pip进行安装

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pip install nibabel

简单的图像读取和存储操作

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import os
import nibabel as nib

# 读取图像
path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz'
img=nib.load(path)
# 查看图像的长宽高
img.shap
# 图像进行仿射变换
img.affine.shap
# 保存图像
path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz'

img.to_filename(path_save)
或者
nib.save(img,path_save)